M S. 15. yüzyılda Rodos Şövalyeleri (St. Jean) tarafından St. Peter adına 99 yılda inşa edilen Bodrum Kalesi, karadan ya da denizden Bodrum’a yaklaşıldığında muhteşem görünümü ile büyüleyici bir görüntü oluşturuyor. Halikarnassos’un ilk kurulduğu noktada. Zephyrion adası üzerine kurulan kalenin yapımı sırasında. Mausolos Anıt Mezarı nın taşları ve rölyefleri kale duvarlarında kullanılmış. Kale, buğun Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak kullanılıyor. Burası dünyanın en önemli sualtı arkeoloji müzelerinden biri. Yaklaşık 30.000 m2’lık alana yayılan kalede 5 kule bulunuyor.
Bunlar Fransız, Ingiliz, Italyan, Alman kuleleri ile Yılanlı Kule 180×185 metre ölçülerindeki kalenin en yüksek yeri, deniz seviyesinden 47.5 metre yüksekliğindeki Fransız Kulesi Kale duvarlarında 249 adet arma bulunuyor Osmanlılar, kale içindeki kiliseye bir minare ilave ederek bir cami haline getirmişler. Ayrıca bir de küçük Türk Hamamı eklenmiş. Bir dönem hapishane olarak kullanılan ve en ünlü kalebenti Halikarnas Balıkçısı Cevat Şakir olan kale, bugün Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak kullanılıyor. Burası dünyanın en önemli sualtı arkeoloji müzelerinden biri. Müzede, Doğu Akdeniz amphoraları koleksiyonu. Yassıada, Şeytan Deresi, Serçe Limanı batıkları sergileniyor. Müzede sergilenen dünyanın en eski batık gemi kalıntısı da görülmeye değer bir eser.