Herakleia antik kentine Milas – Söke karayolu üzerindeki Çamiçi Beldesi’nden ayrılan bir yolla ulaşılır. Kent bugünkü Kapıkırı Köyü içerisinde kalmakta olup, Milas’a 39 km uzaklıktadır. Kent, antik çağda Ege Denizi’nin bir uzantısı olan Latmos Körfezi’ne sahipti. Ancak Menderes Nehri’nin getirdigi alüvyonlarla dolması sonucu körfez bugünkü Bafa Gölü’ne dönüşmüştür. Kent adını ünlü mitoloji kahramanı Herakles’ten almıştır. M.Ö. 8. Yüzyılda adı Latmos iken Persler zamanında Karya Satrabı Mausolos’un eline geçmiştır.
Iskender’in Asya seferi sonucu Iskender Imparatorlugu’nun, daha sonra Seleukoslar’in egemenligine bağlanmıştır. M.Ö. 1. Yüzyılda denizle ilişkisinin kesilmesi üzerine eski önemini kaybeden Herakleia ulaşımdaki güçlük nedeniyle Hristiyan keşişlerin bir gizlenme yeri olmuştur. Çok engebeli ve kayalık bir arazi üzerine kurulan antik kentin etrafi 65 kule ile takviye edilen 6.5 km uzunluğunda sur ile çevrilmiştır. Düzgün dikdörtgen ve kare taş isçiliği gösteren sur duvarları Hellenistik dönemde yapılmıştır.
Hippodamos şehir planına göre iskan edilen Herakleia, birbirini dik kesen izgara biçimli parsel ve sokak planinin iyi uygulandığı örneklerden biridir. Limanin arkasında uzanan kayalık arazı üzerinde yer alan Athena Tapınağı kentin en iyi korunmuş yapılarından biridir. Templum in Antis tarzında, iki sütunlu Hellenistik Çağ yapısıdır. Athena Tapınağı’nin doğusunda yer alan agora iki katlı olup, günümüzde birinci katı ayakta kalmıştır. Agoradaki dükkanların ve hanların yerleri bellidir.
Güney tarafindaki duvarlar gayet güzel taş isçiliği gösterir. Plan olarak dikdörtgen biçiminde olup, etrafi portikolarla çevrilidir. Agoranın doğusundaki köseli “U” planlı yapı Bouleterion dur. Yapının kuzey doğu çevre duvarları oldukça iyi durumdadır. Tiyatro kentin kuzey dogusunda yer alır. Skene binasına ait duvarlar ile 1. kaveaya ait oturma sıraları görülebilir. Kentin sahiline ve adalara giden yolun kenarında yer alan Endymion Kutsal Alani’nin apsidal sellasi ve pronaosu görülebilir.
Bafa Gölü içerisinde yer alan adacıklarda ve Latmos Dağı kayalıklarında birçok manastir yer alır. Sina Yarımadası ve Yunanistan’dan gelen rahipler M.S. 7. yüzyılda ilk manastırı kurmuşlardır. Yapılan araştırmalara göre 13 manastır bulunmaktadır. Bunların en ünlüleri Yediler, Stylos, Soteros, Menet Adası, Ikizce Adalar ve Kahve Asar Adası manastırlarıdır. Bizans Devri’nde manastırların korunması için Bafa Gölü kenarına bir kale insa edilmiştır.
Ayrıca manastırlar etrafına yayılmış keşişlerin tek başına yaşadığı pek çok mağara veya çilehane vardır. Manastırlara yakın olanların içi zengin fresklerle süslüdür. Bu çilehanelerin tavanlarını ve duvarlarını süsleyen freskler Isa’nin hayatını, Meryem’i ve azizleri tasvir eder.